长江工程职业技术学院实行党委领导下的院长负责制，党委书记主持党委工作，院长负责学校的教学、科研和其他行政管理工作，副书记、副院长协助书记、院长工作。按照分工，各负其责，对于工作中的重要情况和重大事件，要及时报告，特别重大的问题，要经过调查研究，提出解决问题的具体建议。

实行领导责任制。主持工作的领导负全面责任；分管领导对其分管的工作负直接领导责任；未经会议研究擅自作出决定造成后果或重大影响的，由作出决定的领导负主要责任。领导出差期间委托其他领导负责。